Der eigne Updater, der in Nextcloud in der Admin-Oberfläche integriert ist, funktionierte bei mir nicht. Nextcloud signalisierte einen Fehlschlag beim Update auf NC 13.
Also habe ich, wie in alten WordPress Zeiten, manuell das Update hochgeladen. Als erstes ist die akuelle Version als .zip-datei herunter zu laden.
Den Ordner mit der alten Nextcloud-Version auf dem Server umbenennen (wenn Nextcloud bspw. im Ordner “meine cloud” gelegen hat, einfach ein _old dranhängen) und aus der alten Version die Ordner config und data in die neue Version integrieren, bzw. austauschen. Anschließend einen Ordner mit dem alten Namen erstellen (wie im Beipiel oben erwähnt „meine cloud“).
Die Dateien des entpackten Ordners in den neuen leeren Ordner „meine cloud“ mit den Ordnern aus der alten Version (config und data) hochladen. Adresse aufrufen und Installationsprozess abschließen.
Die alten Dateien einfach überschreiben geht zwar auch, bei mir zeigten sich allerdings nicht zugeordnete Abhängigkeiten. Der Weg ist nach meiner Erfahrung nicht ratsam.
Zum Schluss die .htaccess noch vervollständigen. Ganz oben "Header set Strict-Transport-Security "max-age=31536000" env=HTTPS" eingeben, speichern und auf den Server damit.
Nach dem Updateprozess sollten Daten und Apps so wie in der alten Version wieder funktionieren. Sollte das nicht der Fall sein, hat man immer noch die Möglichkeit, die neue Version auf dem Server zu löschen und den unbenannten Ordner wieder umzubenennen. Evtl. ist noch die Datei setup-nextcloud aus der neuen Installation zu löschen und fertig ist das saubere Update. Auch bei dieser Methode gilt natürlich: Vorher Backup anfertigen!